В 1985-1989 годах - стажер, прокурор, старший прокурор Ленинградской прокуратуры.
В 1989-1990 годах - начальник юридического отдела концерна "Монолит-Кировстрой" (г. Санкт-Петербург).
В 1989-1990 гг. - главный юрисконсульт Ассоциации морских торговых портов.
С 1990 года работал в юридическом управлении Ленгорисполкома, затем был назначен начальником юридического управления Ленинградского-Санкт-Петербургского городского совета народных депутатов.
Весной 1994 г. баллотировался кандидатом в депутаты Законодательного Собрания Санкт- Петербурга.
Сентябрь 1994 - январь 1999 гг. - председатель юридического комитета мэрии Санкт- Петербурга.
Июнь 1996 - январь 1999 гг. - вице-губернатор Санкт-Петербурга.
1999 г. - председатель совета директоров юридической компании "Группа Юст", входил в состав совета директоров Санкт-Петербургского Банкирского дома.
12 августа 1999 года назначен на должность первого заместителя руководителя аппарата правительства.
19 августа 1999 года Указом Президента РФ назначен руководителем аппарата правительства, министром РФ.
В ноябре-декабре 1999 г. возглавлял президентский штаб Владимира Путина.
В декабре 1999 г. на Козака была возложена организация работ по разработке проекта стратегического развития России до 2010 года.
С 4 июня 2000 г. - заместитель руководителя администрации президента.
21 августа 2000 года был избран председателем совета директоров ОАО "Совкомфлот".
В январе 2001 представил руководству ВC концепцию судебной реформы, которая предполагает отмену пожизненного статуса судей, отмену согласования новых кандидатур судей с законодательным органом субъекта РФ, выведение Следственного комитета из состава МВД и передачу ему всех дел, расследуемых милицией, налоговой полицией и прокуратурой.
Летом 2001 года возглавил комиссию по разграничению полномочий между федеральным центром и регионами.
30 октября 2003 года назначен первым заместителем руководителем администрации президента России.

В 1985-1989 годах - стажер, прокурор, старший прокурор Ленинградской прокуратуры.
В 1989-1990 годах - начальник юридического отдела концерна "Монолит-Кировстрой" (г. Санкт-Петербург).
В 1989-1990 гг. - главный юрисконсульт Ассоциации морских торговых портов.
С 1990 года работал в юридическом управлении Ленгорисполкома, затем был назначен начальником юридического управления Ленинградского-Санкт-Петербургского городского совета народных депутатов.
Весной 1994 г. баллотировался кандидатом в депутаты Законодательного Собрания Санкт- Петербурга.
Сентябрь 1994 - январь 1999 гг. - председатель юридического комитета мэрии Санкт- Петербурга.
Июнь 1996 - январь 1999 гг. - вице-губернатор Санкт-Петербурга.
1999 г. - председатель совета директоров юридической компании "Группа Юст", входил в состав совета директоров Санкт-Петербургского Банкирского дома.
12 августа 1999 года назначен на должность первого заместителя руководителя аппарата правительства.
19 августа 1999 года Указом Президента РФ назначен руководителем аппарата правительства, министром РФ.
В ноябре-декабре 1999 г. возглавлял президентский штаб Владимира Путина.
В декабре 1999 г. на Козака была возложена организация работ по разработке проекта стратегического развития России до 2010 года.
С 4 июня 2000 г. - заместитель руководителя администрации президента.
21 августа 2000 года был избран председателем совета директоров ОАО "Совкомфлот".
В январе 2001 представил руководству ВC концепцию судебной реформы, которая предполагает отмену пожизненного статуса судей, отмену согласования новых кандидатур судей с законодательным органом субъекта РФ, выведение Следственного комитета из состава МВД и передачу ему всех дел, расследуемых милицией, налоговой полицией и прокуратурой.
Летом 2001 года возглавил комиссию по разграничению полномочий между федеральным центром и регионами.
30 октября 2003 года назначен первым заместителем руководителем администрации президента России.